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PCR 實(shí)驗（experiment)室依據所使用的方法可分為試劑準備、標本制備、擴增、產(chǎn)物分析(Analyse)等三或四個(gè)區域。只是使用實(shí)時(shí)熒光PCR儀、HIV病毒載量測定儀的PCR實(shí)驗室，有上述前面三個(gè)區域即可。各區域應完全獨立分隔，不應有任何的空氣直通。
2標準的PCR實(shí)驗（experiment)室產(chǎn)物分析(Analyse)區或三個(gè)區域的最后一個(gè)區域（即擴增及產(chǎn)物分析(Analyse)區），空氣流向應由室外向室內，可通過(guò)在室內設置通風(fēng)櫥、排風(fēng)扇或其他排風(fēng)系統達到空氣流由室外向室內流動(dòng)的要求。
PCR實(shí)驗（experiment)室根據使用儀器（appliance）的功能合理設置各個(gè)工作區域，如采用聚合酶(Enzyme)聯(lián)反應：則設置試劑儲存和準備區、標本制備區、擴增區、擴增產(chǎn)物分析(Analyse)區四個(gè)單獨的工作區域，這是最常用的分區方式。潔凈實(shí)驗室無(wú)菌試驗室、生物安全實(shí)驗室必須保證人身安全、環(huán)境安全、廢棄物安全和樣本安全，能長(cháng)期而安全地運行，同時(shí)還為需要實(shí)驗室工作人員提供一個(gè)舒適、而良好的工作環(huán)境。樣品需要粉碎處理的，還需增設樣品粉碎區；若使用實(shí)時(shí)熒光PCR法：基因擴增區、基因產(chǎn)物分析區可以合并在一個(gè)房間內；采用標本處理、核酸提取及擴增檢測為一體的全自動(dòng)化PCR分析儀，則標本制備區、擴增區、擴增產(chǎn)物分析區可合并為一個(gè)區域，因此PCR實(shí)驗室原則上設置五個(gè)區或四個(gè)區或三個(gè)區或二個(gè)單獨的工作區。
核酸擴增前區和核酸擴增后區可設在一個(gè)房間內，但必須在滿(mǎn)足下列要求的前提下：
a.核酸擴增前區實(shí)驗（experiment)室內設置兩個(gè)不同位置（position )的實(shí)驗區，試劑配置(deploy)在超凈工作臺中操作，樣品處理在生物安全柜內操作。
b.在核酸擴增后區使用全封閉的擴增和檢測系統，如實(shí)時(shí)熒光PCR儀等。潔凈實(shí)驗室無(wú)菌試驗室、生物安全實(shí)驗室必須保證人身安全、環(huán)境安全、廢棄物安全和樣本安全，能長(cháng)期而安全地運行，同時(shí)還為需要實(shí)驗室工作人員提供一個(gè)舒適、而良好的工作環(huán)境。
c.每個(gè)實(shí)驗（experiment)人員使用各自的試劑、耗材、移液器和盛放污染物的盛器。
d.在實(shí)驗（experiment)前后對操作區域和共享器具進(jìn)行清潔及消毒。凈化實(shí)驗室必須控制實(shí)驗室的潔凈度，對新風(fēng)進(jìn)行過(guò)濾，使實(shí)驗室達到一定的凈化要求。其中排風(fēng)系統是重點(diǎn)，對于保證實(shí)驗室相對負壓環(huán)境和有效過(guò)濾室內污染排風(fēng)起著(zhù)重要的作用。
e.各區域的試劑、器具、儀器（appliance）和設備為該區專(zhuān)用，不得交叉使用。
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